Sejak tahun 2023, Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta telah membentuk tim khusus yang bertugas mengawal terwujudnya cita-cita pembukaan program pascasarjana. Cita-cita ini merupakan bagian dari impian terbesar yang dicanangkan, yakni transformasi status dari “institut” ke “universitas”. Program pascasarjana yang direncanakan dan diproyeksikan adalah Program Studi Magister (S-2) Pendidikan Agama Islam (PAI).

Upaya yang dilakukan oleh tim membuahkan hasil tatakala Badan Akreditas Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) melakukan visitasi ke IIQ An Nur Yogyakarta pada tanggal 23–25 Juli 2024. Kemudian, tim kembali melakukan perbaikan demi perbaikan sebagaimana yang direkomendasikan oleh BAN-PT. Akhirnya, izin resmi itu terbit pada tanggal 5 Desember 2024 melalui Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1294 Tahun 2024 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam untuk Program Magister pada Institut Ilmu Al Qur’an An Nur Yogyakarta. Selanjutnya, penerimaan mahasiswa baru untuk Prodi Magister PAI angkatan pertama dibuka pada 3–20 Februari 2025.